La isla caribeña de Puerto Rico tiene unos 3,4 millones de habitantes, de los que un 70% se declaran católicos. Están organizados en seis diócesis: cada una es una iglesia diocesana, y cada obispo, heredero de los apóstoles, responde solo ante el Papa.
Pero ahora se ven amenazados por el Tribunal Supremo de la isla (que es un "estado libre asociado a Estados Unidos") que está interfiriendo en la estructura organizativa de la Iglesia y considera que toda la iglesia católica de la isla es una misma entidad, algo que no recoge el derecho canónico. Los católicos defienden su derecho a organizarse sin injerencias del poder judicial norteamericano.
La Arquidiócesis de San Juan ha apelado al Tribunal Supremo de Estados Unidos para solicitar que revoque la decisión del Supremo de Puerto Rico de declarar que todas las diócesis en la isla son una sola entidad.
La arquidiócesis alega que el Supremo de Puerto Rico viola la libertad religiosa al intentar cambiar la estructura de las instituciones católicas en la isla. El Supremo en la isla declaró que no solo la Arquidiócesis de San Juan, sino todas las entidades católicas en Puerto Rico, debían responder a la demanda por el pago de pensiones de los maestros de colegios católicos. Pero la Arquidiócesis y las otras diócesis sostienen que son entidades separadas que no responden por las demás, según el derecho canónico.
El recurso de la arquidiócesis de San Juan agrega que ese fallo “no solo es una afrenta contra la Iglesia Católica, sino a este tribunal, que ha hecho claro una y otra vez que ‘tribunales civiles no pueden ejercer jurisdicción’ sobre asuntos de ‘gobernanza eclesiástica’”.
La arquidiócesis sometió una moción en el Tribunal de Quiebra (bancarrota) federal, en San Juan, que incluyó el documento de la apelación al Supremo federal para reforzar su petición de que no se desestime el proceso de quiebra (bancarrota) por el hecho de que las diócesis de Mayagüez, Ponce y Arecibo no han querido participar. Por su parte, los representantes de los maestros se unieron a la solicitud del Síndico de Estados Unidos para que se desestime la protección de quiebra.