El Madrid republicano se rindió al ejército nacional el 28 de marzo de 1939. Fue en ese momento cuando José María Escrivá de Balaguer, fundador del Opus Dei, regresó a la capital para buscar a su madre, hermanos, y a los miembros del joven movimiento religioso.

Cuando llegó a la residencia de estudiantes de la calle Ferraz, donde había estado el núcleo de la Obra, encontró el edificio reducido a un montón de escombros. Inició una búsqueda de algún lugar para volver a construir la residencia. El lugar elegido fueron dos apartamentos de la calle Jenner. Ahí se inauguró el nuevo oratorio de la residencia de estudiantes donde San Josémaría celebraba misas. Pero la paz que allí se respiraba duró poco tiempo. La nueva residencia se convirtió en objeto de calumnias y persecuciones, que relata recientemente el sacerdote Francesc Faus en su libro "Un hombre que sabía perdonar" (www.pallerols-andorra.org).

Fue en 1940 cuando esa persecución se hizo más notoria. San Josemaría lo bautizó como “la contradicción de los buenos”. 

Corrió, el dicho de que el oratorio de la residencia estaba lleno de signos cabalísticos y jeriglíficos, (así se referían a unos signos cristianos en el friso de madera). Se decía que San Josemaría hipnotizaba a los residentes y que con juegos de luz simulaba levitar. Algunos incluso comentaron que era el Anticristo y que los 999 pensamientos de su libro "Camino" no eran más que el 666 invertido, la cifra de la Bestia del Apocalipsis.

Al saber esto, el propio Josemaría bromeaba a veces con los chavales diciéndoles “ven aquí, que te hipnotizo”. Y en cuanto a la levitación, ironizaba acerca de su peso, que aumentaba con su incipiente diabetes: "verdaderamente, con el peso que tengo, elevarme del suelo diciendo misa sería un milagro de categoría", comentaba con humor.

Meses más tarde, se presentó una denuncia en este sentido ante el Tribunal para la Represión de la Masonería acusando al Opus Dei de ser “una rama judaica de los masones". Los jueces incluso visitaron el oratorio: comprobaron que la denuncia era absurda y se decidieron por la absolución.

Fueron los propios alumnos los que descubrieron quién estaba detrás de todo, sospechando de los estudiantes de una congregación mariana. Pronto se comprobó que la persecución había sido promovida por un religioso de 35 años, el padre jesuita Carrillo de Albornoz, que en aquel momento era el director de la Confederación Española de las Congregaciones Marianas.

Escrivá de Balaguer decidió ir a hablar personalmente con este religioso y explicarle cual era exactamente la función de la residencia. Decidieron contarse uno al otro cualquier crítica de mal gusto que tuvieran contra el Opus Dei o contra las congregaciones marianas, pero el otro religioso no cumplió y las habladurías continuaron. Josemaría se encontró por casualidad con el director, y le dijo: “Mucho gusto en verle padre, ¿se acuerda de que tenemos hecho un medio pacto?”, confiando en que el religioso tenía buena voluntad y que iba a poder aclarar cuales era los fines espirituales del Opus Dei.

En 1951 San Josemaría se enteró de que aquel hombre salió de la Compañía de Jesús, dejó el sacerdocio y se alejó de la fe católica, un acontecimiento que entristeció profundamente al sacerdote aragones. También supo que el padre Carrillo estaba muy enfermo y el fundador del Opus Dei hizo todo lo posible para que un sacerdote tratara de atenderlo para ayudarle a reconciliarse con la Iglesia y morir en paz con Dios.