Durante más de diez años ocupará el cargo de organista de la Santa Iglesia Catedral Primada en Toledo. También era Capellán de las Comendadoras de Santiago. Vivía con su hermano José, en una casa frente al Porche de Santo Domingo.

La primera noticia que aparece sobre don Bonifacio en “El Castellano”, lleva fecha del 31 de diciembre de 1924: “Su eminencia reverendísima (se trata del Cardenal Enrique Reig y Casanova) ha firmado los siguientes nombramientos: …Comisión de Música Sagrada: Presidente, muy ilustre señor don Joaquín de la Madrid, chantre de la S.I.P.; Vocal, señor don Luis Ferré Domenech, maestro de Capilla de la S.I.P; Idem, señor don Bonifacio Aguilera, organista de la S.I.P.; Idem, señor don Féliz Sáez de Ibarra, id.; Idem, señor don Juan Bautista de la Asunción Borrás, tenor de la S.I.P.; Idem, reverendo padre Eliseo de la Torre, S.J.”.

Sobre los trabajos musicales, la primera noticia aparece con motivo de sus primeras fiestas del Corpus: “al iniciarse la procesión y hasta que salió de la Catedral, los dos organistas beneficiados, señores Sáenz y Aguilera, en los dos magníficos órganos de coro  de Leones, ejecutaron composiciones combinadas, de gran efecto”.

El 9 de abril de 1929, “El Castellano” informa sobre una velada en los Luises: “La Sinfonía estuvo a cargo del eminente pianista Bonifacio Aguilera…”.

En 1930, en unas composiciones musicales, con motivo de las fiestas solemnes de la Inmaculada, aparece mencionado como profesor del Seminario Mayor. Y, en las crónicas de las fiestas de la ciudad, siempre se puede leer “solemnizará estos cultos un conjunto de voces con la dirección del organista de la Santa Iglesia Catedral Primada, don Bonifacio Aguilera”.

Con fecha de 14 de abril de 1931 se da noticia de unas conferencias que el cardenal Segura está dando a los alumnos de la Academia de Infantería de Toledo “preparatorias al cumplimiento pascual de los señores caballeros alumnos… Amenizaron el acto, con inspiradísimos y bien ejecutados cánticos, los seises de la Catedral, dirigidos y acompañados al piano por su dignísimo y competente maestro, el beneficiado de la misma, don Bonifacio Aguilera”.

El Siervo de Dios José Aguilera Gil es el joven e inteligente administrador del diario local “El Castellano”. En el “Diario Oficial del Ministerio del Ejército”, del 22 de diciembre de 1928, se nos informa que José pertenecía “a la disuelta sección de música de la Academia de Infantería” de Toledo y que pasa al regimiento Covadonga de Infantería nº 40. De hecho en las notas necrológicas escritas en el libro-registro del Cementerio de Nuestra Señora del Sagrario, y que se conserva en el Ayuntamiento de Toledo, podemos leer: “De Toledo, impresor y músico, de unos 35 años... Procedente de la cárcel”. Al lado se ha escrito: “José Aguilera. Su viuda, Eusebia Ruano”.

Tras estallar la persecución religiosa, en los primeros días del mes de julio, como si se tratase de un plan trazado, cronometrado, las muertes martiriales van sucediéndose.

23 de julio de 1936. En la Plaza del Porche de Santo Domingo (sobre estas líneas), se aposta un grupo de marxistas esperando la llegada de don Bonifacio. Todo el mundo lo conoce, pues es el organista de la Catedral de Toledo. Incluso entre los milicianos. Dos de ellos se atreven a ponderar el buen hacer del “cura” con el órgano catedralicio. De repente, se oye un portón cerrarse y alguien que se aproxima. Don Bonifacio, además de la música, tiene a su cargo la capellanía de las monjas Comendadoras, que todavía no hace el año que se trasladaron a la Calle del Cobertizo de Santo Domingo. Y de allí viene, de repartirles la Comunión.

Mandan bajar a su hermano y los dos son conducidos a la Diputación Provincial, a unos locales que se han habilitado como cárcel. Pero, en cuanto llegan a las puertas del edificio, José fue obligado a presenciar el asesinato de su hermano. A él le obligaron a ingresar en la cárcel, sufriendo el martirio en la Puerta del Cambrón la madrugada del 23 de agosto.

Como ya hemos narradoen otras ocasiones, el 22 de agosto de 1936, unos aviones del ejército republicano que bombardeaban el Alcázar erraron en su puntería matando a varios soldados de su propio ejército. Este suceso produjo cierta efervescencia entre los milicianos, pero nada hubiese ocurrido si los jefes no hubieran tomado el hecho como motivo para perpetrar unos asesinatos en los que ya venía meditando. La horrorosa matanza de prisioneros, a la que la impericia de un aviador sirvió como pretexto, había de realizarse de todos modos. Ambos sucesos fueron enlazados casuísticamente, pero la elección de víctimas no fue debida al azar. Los encargados de consumar el hecho sabían perfectamente lo que tenían que realizar y no hubo titubeos ni improvisación. Cuando anocheció 80 personas, en dos grupos fuertemente escoltados por milicianos, franqueaban las puertas de la cárcel. El asesinato fue perpetrado con nocturnidad y traición. El mismo engaño con que los presos fueron sacados de la cárcel es una prueba de la alevosía del crimen. Allí estaba el Siervo de Dios José Aguilera, que llevaba preso desde el 23 de julio. Los detenidos bajaban del Convento de Gilitos, convertido en prisión, hacia la puerta del Cambrón. Al llegar el grupo fue dividido: a unos los encaminaron a la cercana Fuente del Salobre y a los otros hacía el Puente de San Martín. En este paraje fue sacrificado José junto al resto de los mártires.